Valve\cstrike\

addons - В этой папке находятся аддоны (вполне возможно, а может быть скорее всего у Вас этой папки нет) для Counter Strike. Могуть быть: Metamod, AMXMod ну и тому подобное...;
maps - Здесь находятся карты, именно в этот каталог надо копировать скачанные мапы;
dlls - Важный каталог, но не слишком для нас. В этой папке хранятся dll-ки игры а также dll-ки некоторых ботов;
media - В этой папке хранится муза, которая играет при включении игры. Можете поменять на свою, удалив старую и переименовав новую соответственно;
models - Известная папка, т.к. здесь хранятся модели оружия, игроков..;
resource - Здесь, в формате .tga хранятся изображения меню (их несколько т.к. меню состоит из кусочков), можете в фотошопе поменять на свои (желательно, что-бы у них был одинаковый размер);
sound - Папка с музыкой - на картах, радио-сообщения и т.п;
sprites - Папка со спрайтами (изображения прицела, здоровья и т.п.).

Valve\valve\

Ну единственная, пожалуй важная для нас папка - это logos:
В ней хранятся логотипы (спрэи), которые делаются по нажатию клавиши Т. Можно, пользуясь тем же фотошопом сделать свое лого (размер 64x64) и перевести его в черно-белый вид и скопировать в эту папку... Потом можно в CS выбрать его самого (надо сохранить под собственным именем) цвет. Но. Во время сетевой игры другие врядли увидят ваше лого. Т.к. у большинства отключена их закачка...